Игра идёт спустя двадцать лет, после событий описывааемых в манге

Много времени прошло с тех пор, как преступная организация Акацки была повержена альянсом пяти стран шиноби. Каге деревень сменились дважды, и на передовую вышли новые поколения. Новых конфликтов не предвиделось - память о третьей войне скрепляла страны дружбой. Но одна из мелких организаций, посвятивших себя забытому тёмному божеству, неизвестным могущественным ритуалом, попыталась призвать своего бога в этот мир. К счастью, ритуал сорвался. Но излом в межмировом пространстве открыл проход для другого зла. В неизвестных землях, открылся источник странного вещества, порождающий необычные фрукты, способные практически неограниченно изменять тело и душу того, кто их съест. Фрукты получили название "Амброзия". Они спонтанно появлялись в самых разнообразных местах, а шиноби при помощи их свойств научились совершенствовать свои техники. Сила улучшенных техник была настолько велика, что из-за фруктов стали назревать новые конфликты. Организация Акацки вновь была собрана неизвестным, утверждающим, что он переродившийся Тоби. Так же появилась новая, более могущественная организация, о которой пока известно лишь то, что она имеет доступ к источнику амброзии.